Pythagoras' vader was de koopman Mnesarchus uit Tyrus. Volgens de legende bracht hij graan naar de stad Samos toen daar hongersnood heerste, en kreeg daarvoor het burgerrecht. Pythagoras' moeder was Pythais uit Samos. Waarschijnlijk had hij twee of drie broers. In zijn jeugd kreeg Pythagoras een goede opleiding; hij kreeg onder meer lessen in filosofie, lierspel en poëzie. Met zijn vader maakte hij verschillende reizen.

Volgens sommige bronnen woonde Pythagoras eerst een tijd in Egypte en daarna als krijgsgevangene in Babylon (het huidige Bagdad), voordat hij naar Samos terugkeerde. Zeker is dat hij vanuit Samos naar Croton in Zuid-Italië vertrok om een kolonie te stichten. Dit kan gebeurd zijn in 530 voor Christus, maar ook pas in 518 v.C., dus in deze data zit een onzekerheid van maar liefst 12 jaar(!). In Croton richtte Pythagoras een filosofische en religieuze gemeenschap op. De kern van deze gemeenschap werd gevormd door de "mathematikoi". Zij werden onderwezen door Pythagoras zelf en volgden strenge leefregels.

De basis van het geloof van de gemeenschap werd door Pythagoras in enkele "geloofsaxioma's" samengevat:

• Op het diepste niveau is de werkelijkheid wiskundig van aard.
• Filosofie kan gebruikt worden om geestelijke zuiverheid te bereiken.
• De ziel kan zich verheffen tot eenheid met het goddelijke.
• Bepaalde symbolen (bijvoorbeeld getallen) hebben een geloofswaarde.
• Alle leden moeten de gemeenschap volledige trouw en geheimhouding zweren.